微生物有机肥料的分类:
 
　　狭义地生物肥料，是通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品，也被称之为接种剂或菌肥，它本身不含营养元素，不能代替化肥。
 
　　广义地生物肥料是既含有作物所需的营养元素，又含有微生物的制品，是生物、有机、无机的结合体它可以代替化肥，提供农作物生长发育所需的各类营养元素。
 
　　生物肥料从其作用上可分为：
 
　　生物固氮菌(如根瘤菌)；分解土壤有机物菌剂(有机磷细菌肥、综合细菌肥；分解土壤难溶性矿物的菌剂(硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料)；抗病与刺激作物生长的菌剂(抗生菌肥料)；
 
　　从其成分上可分为：
 
　　单纯生物肥，它本身基本不含营养元素，而是以微生物生命活动的产物改善作物的营养条件，活化土壤潜在肥力，刺激作物生长发育，抵抗作物病虫危害，从而提高作物产量和质量。
 
　　因而单纯生物肥不能单施，要与有机肥、化肥配合施用才能充分发挥它的效能。如：大豆根瘤菌、磷素活化剂、生物钾肥等。
 
　　有机-无机-生物复合肥，它是有机肥、无机肥、生物菌剂三结合的肥料制品，既含有作物所需的营养元素，又含有微生物，它可以代替化肥供农作物生长发育。
 
　　如目前市场销售的生物有机复合肥、绿色食品专用肥、生物有机复合肥等。都是在制造过程中，添加生物菌剂，缩短有机肥的生产周期、增加其速效成分。
 
　　生物有机肥与传统有机肥的区别在于是工厂化、专业化生产，有人也将这类肥料称之为精制商品有机肥。