(1)去碳，去氮，解磷的功能
    水产em菌种中有益微生物如芽孢杆菌，碱杆菌属，假单孢菌，黄杆菌等复合菌有去除水中碳，氮，磷系化合物的能力，并能转化硫，铁，汞，砷等有害物质。光合细菌能降解BOD的98%的含碳污水，去除总氮的66.7%，报道，光合细菌是水体中C，N，S循环的主要的参与者，可以明显地改善水质，增加水中中的增氧，氨氮，硝氮，并使硫化物降低。
    (2)絮凝作用
    水产em菌种中有益微生物如芽孢杆菌，不动杆菌，专性厌氧的脱硫孤菌，假单孢菌，产碱杆菌，黄杆菌，无色杆菌，微球菌，动胶菌等有生物絮状作用，互相粘连在一起，构成菌胶团，担负氧化分解的任务将有机物结合絮状，使重金属离子，P元素沉淀，使水体净化。
    (3)硝化作用
    硝化作用是微生物将水体中产生的NH3氧化成的硝酸盐，为藻类生长提供养料，这对河流复原因有重大的意义。主要分两个过程:第一阶段是氨被氧化为亚硝酸盐，如亚硝化杆菌，亚硝化螺菌，亚硝化球菌等，第二阶段是亚硝酸盐被氧化硝酸盐，如:硝化杆菌，硝化球菌，硝化刺菌等。
    (4)反硝化作用
   水产em菌种中有益微生物如芽孢杆菌，短杆菌，假单杆菌都是好氧菌和兼性厌氧菌，以分子氧为载体，在供氧不充分的时间与空间，可以利用硝酸盐为最终电子载体产生NO2-，Ｎ和氮气，而起反硝化作用，将硝酸盐移出系统外，提高PH。
    (5)去除淤泥
    活性碳除淤泥法是利用活性碳淤泥的微生物在好氧条件下，利用有机物开始生长，有机物部分被微生物降解，水体中的COD和BOD得到降低．日本学者在98年报道用氟石和火成岩砂吸附一种乳杆菌，用以分解虾池底部有机淤泥，结果使有机淤泥发生量减少了1/2-1/3,H2S减少了1/3，虾的成活率提高了10%-20%。
    (6)固氮作用
    主要是一些固氮藻类及细菌，水产em菌种中有益微生物如：固氮单胞菌属，肠杆菌，芽孢杆菌，梭状芽孢杆菌，光合细菌，鱼腥蓝细菌，苜蓿根瘤菌等，它们能把氮气变为有机氮，为水产养殖提供饵粒和肥料，潜力很大。总的来说，生物修复技术被称为生物处理技术的一个里程碑，是一项新兴的可靠的环保技术，将会在世界范围内日益得到重视和应用。